1996
Auch nach dem Wiederaufstieg in die erste Liga blieben die Bulls als einziges Topteam ohne US-Legionäre. Die mit einigen Nationalspielern ausgestattete Mannschaft konnte Achtungserfolge erzielen und holte schließlich den hervorrangenden 4. Platz. Der Bulls-Nachwuchs sicherte sich in Graz gegen die Giants den österreichischenJuniorenstaatsmeistertitel.
1997
Die Salzburg Bulls gingen erneut freiwillig in die zweite Liga zurück. Es wurden zum vierten Mal in Folge keine Legionäre geholt, dennoch holten die Bulls abermals eindrucksvoll der Titel in der zweiten Staatsliga. Die Bulls Juniors waren ebenfalls erfolgreich und verteidigten ihren Juniorenstaatsmeistertitel aus dem Vorjahr.1998–Heute
In den Jahren bis 2009 spielten die Bulls immer wieder wechselnd in der ersten und zweiten Liga. Die Kampfmannschaft eroberte in der zweiten Liga 2003 nochmals den Titel und war 2004, 2005, 2006 und 2009 Vizemeister. Auch der internationale Nations Bowl ging 2004 und 2005 nach Salzburg. Die Nachwuchsmannschaft wurde 1998, 1999 und 2004 Vizemeister.1998 spielte mit dem Salzburger Mario Sischka erstmals ein Österreicher bei Frankfurt Galaxy in der NFL Europe, der europäischen Profiliga.
Seit der Jahrtausendwende dominieren Österreichs Erstligateams eindrucksvoll das europäische Footballgeschehen und holten viele Eurobowl- und EFAF-Cup-Siege. Auch in der zweiten Liga zeichnete sich mehr und mehr ab, daß ohne amerikanische Verstärkungen auf Dauer kein Playoff oder gar Finale mehr zu erreichen war. So entschlossen sich auch die Salzburg Bulls, wieder Profis zu holen, um weiterhin in der Spitze der zweiten Staatsliga mitzumischen.
Die Bulls waren jahrelang am Sprung zwischen der zweiten und ersten Liga. In den Jahren 2003–2006 standen sich immer die Vienna Vikings II und die Salzburg Bulls im Endspiel um die Silver Bowl gegenüber. Einzig das Budget konnte bis zuletzt nicht aufgebracht werden, um wieder in die höchste Liga aufzusteigen.
